Badan Karantina Indonesia berdiri 20 Juli 2023 berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 45 Tahun 2023 yang merupakan Amanah dari Undang-undang Nomor 21 Tahun 2019 tentang karantina hewan, ikan, dan tumbuhan. Badan Karantina Indonesia merupakan penggabungan dari Badan Karantina pertanian yang berada di bawah Kementerian pertanian, Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan yang berada di bawah Kementerian Kelautan dan Perikanan, serta unsur pengawasan dan/atau pengendalian terhadap produk rekayasa genetik, sumber daya genetik, agensia hayati, jenis asing invasif, tumbuhan dan satwa liar, serta tumbuhan dan satwa langka di tempat pemasukan dan tempat pengeluaran di lingkungan Kementerian Kelautan dan Perikanan serta Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan.